Cartographier comment l’épidémie d’opioïdes a déclenché une épidémie de VIH

Un programme d’échange de seringues au Austin Community Outreach Centre à Austin, Indiana, vise à stopper la propagation du VIH.Darron Cummings / AP

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Un programme d’échange de seringues au Austin Community Outreach Centre à Austin, Indiana, vise à stopper la propagation du VIH.

Darron Cummings / AP

Quand les gens ont commencé à se présenter au bureau de soins primaires du Dr William Cooke à Austin, en Inde, en 2014 avec le VIH, Cooke savait que c’était probablement lié à l’épidémie d’opioïdes de la région. Mais ce que lui et le reste de la communauté de la santé publique ne savaient pas, c’est qui ils avaient manqué ou combien de temps l’épidémie de VIH s’était-elle produite.

Maintenant, ils ont une image plus claire – littéralement. Dans les visualisations publiées dans leJournal des maladies infectieuses, les points et les lignes définissent les constellations de l’épidémie de VIH dans l’Indiana. En utilisant le séquençage génétique, ils montrent depuis combien de temps l’épidémie se déroule, relient des personnes qui n’avaient pas été liées par des méthodes traditionnelles et ont montré comment le virus est passé d’une infection à propagation lente à un virus transmis rapidement par le partage d’aiguilles. petites sous-épidémies.

Les données génétiques ont été utilisées pour suivre le VIH avant. Mais maintenant, la technologie est utilisée pour cartographier les épidémies de VIH en temps réel, ce qui confère un poids moléculaire aux entretiens en personne que les responsables de la santé publique ont utilisés pendant des siècles pour suivre et arrêter les épidémies. La reconstruction d’Austin est un exemple de ce qu’elle peut faire.

«Il s’agit d’un outil instrumental permettant de ramener les nouvelles infections à zéro», a déclaré John Brooks, conseiller médical principal à la Division de la prévention du VIH / sida des Centers for Disease Control. “Nous avons les outils, en termes de traitement, qui réduisent la transmission à presque zéro, nous avons la prévention … et maintenant nous savons comment trouver des gens.”

Le CDC a publié des données le 12 janvier montrant que plus d’une personne sur quatre qui s’injectent des drogues réutilisent des aiguilles et que beaucoup n’ont pas eu de test VIH au cours de la dernière année, les nouvelles données sont particulièrement pertinentes.

Une carte pour le futur des tests

Les visualisations ne sont pas des cartes typiques. Il n’y a pas de limites dans l’espace. Au lieu de cela, ils cartographient les connexions, les communautés et le temps, en utilisant la couleur, les lignes et les points.

Des entrevues avec des personnes du comté de Scott, en Indiana, ont permis d’identifier des personnes à haut risque d’infection par le VIH (cercles bleus) et des personnes vivant avec le VIH (cercles rouges). Les grands cercles représentent les personnes avec plus de contacts à haut risque.CDC / Oxford University Press

CDC / Oxford University Press

Des entrevues avec des personnes du comté de Scott, en Indiana, ont permis d’identifier des personnes à haut risque d’infection par le VIH (cercles bleus) et des personnes vivant avec le VIH (cercles rouges). Les grands cercles représentent les personnes avec plus de contacts à haut risque.

CDC / Oxford University Press

Les cartes passent par deux itérations, reliant l’épidémiologie traditionnelle des cuirs et des chaussures à des entretiens minutieux avec chaque personne prise dans l’épidémie, appelée traçage des contacts, pour suivre le virus au fur et à mesure de son évolution.

Les entretiens donnent une vision de l’épidémie: une masse de points rouges et bleus fortement groupés représentant les personnes ayant contracté le VIH et les personnes à risque mais toujours séronégatives. Certains points sont grands et rouges, représentant des personnes vivant avec le VIH et de multiples contacts à haut risque. D’autres sont plus proches des points – en rouge et bleu – montrant des personnes avec des risques plus faibles mais vivant également dans la constellation de l’épidémie. Il y a quelques valeurs aberrantes avec seulement une ou deux connexions avec la plus grande masse, mais c’est un tas de connexions et de risques largement indifférenciés.

Selon Ellsworth Campbell, biologiste computationnel du CDC et auteur principal du document, les interviews de personne à personne permettent d’évaluer ce qui rend une personne vulnérable au VIH et qui devrait être testé.

«Quand la transmission est anonyme ou qu’ils ne connaissent pas le statut de quelqu’un, ils nous manquent», dit-il. Les responsables de la santé publique peuvent aussi manquer des personnes à l’extérieur des limites des comtés, puisque la prétendue recherche de partenaires se termine à la juridiction.

Les entrevues avec les partenaires peuvent aussi être trompeuses. Par exemple, l’agent de bord Gaétan Dugas a longtemps été nommé «patient zéro» dans l’épidémie de VIH aux États-Unis. Mais le dépistage moléculaire effectué en 2016 a montré que le virus de Dugas n’était pas à l’origine de l’épidémie américaine.

Ainsi, le CDC a décidé d’utiliser le même genre de recherche moléculaire qui a permis de déterminer la véritable place de Dugas dans l’épidémie, et de superposer ces résultats aux données recueillies par les agents de santé lors des entretiens. L’idée était de les tester sur l’épidémie en Indiana, puis d’offrir la technologie, qui utilise plusieurs programmes et prend en compte les entrevues avec les partenaires, gratuitement aux départements de santé publique à travers le pays.

Le suivi de l’ADN a trouvé sept différentes mutations majeures du virus alors qu’il se déplaçait dans le comté de Scott, Indiana. Cela incluait des groupes plus petits de cinq personnes ou moins et trois nouveaux sous-groupes qui n’auraient peut-être pas été connectés autrement.

Trouver les empreintes digitales du VIH

Selon le Dr Felipe García, chercheur sur le vaccin anti-VIH à Barcelone, le VIH est un virus particulièrement bien adapté à ce genre de travail de détective, car il mute rapidement.

“La variabilité du VIH chez une personne est plus élevée que toutes les variations de la grippe dans le monde en une saison”, dit-il. “Lorsque vous vivez avec le VIH, vous ne vivez pas avec un virus, vous vivez avec une population de virus.”

Les chercheurs savaient que si les séquences d’ADN du virus étaient étroitement liées, ces infections étaient liées. Ils savaient aussi que des infections plus lointaines sont apparues plus tôt ou plus tard dans l’épidémie. En utilisant un autre test, ils ont estimé à quel point les infections étaient récentes. Mettez ces résultats ensemble avec les résultats de l’épidémiologie chaussure-cuir, et vous avez la visualisation finale.

Ce que Campbell et son équipe ont trouvé était parfois surprenant. Par exemple, ils ont découvert que le virus progéniteur – celui qui avait déclenché l’épidémie – appartenait à un homme qui avait contracté le VIH il y a près d’une décennie.

De plus, il y avait des gens diagnostiqués à peu près au même moment que la flambée dont on supposait qu’ils en faisaient partie, mais les données génétiques ont révélé qu’ils ne l’étaient pas.

Les chercheurs ont également voulu savoir quels facteurs de risque, tels que le partage d’aiguilles ou les rapports sexuels non protégés, aidaient à propager le virus, aussi les ont-ils cartographiés.

Les infections initiales concernaient des personnes qui ne s’injectaient pas de drogues pour la plupart, mais qui avaient plus de deux partenaires sexuels. Mais ils ne représentaient que 1% des infections.

Ensuite, le virus a sauté vers ce qui allait devenir le groupe le plus touché: des gens qui partageaient des seringues.

Mais ensuite, il a tiré dans une autre direction: des gens qui ont dit qu’ils partageaient des aiguilles avec quelqu’un qui déclarait avoir des rapports sexuels contre de la drogue ou de l’argent. Ce fut une découverte: les personnes qui échangeaient des faveurs sexuelles contre une solution ou un lieu de séjour, mais qui n’étaient pas nécessairement des prostituées, se sont avérées être l’un des moteurs de l’épidémie.

La carte suggère plusieurs fois et lieux que l’épidémie aurait pu être arrêté, dit Campbell. “Cela peut nous aider à répondre dans le futur.”

Signes précurseurs

La visualisation a impressionné l’épidémiologiste Patrick Sullivan à l’Université Emory. Sullivan travaille sur AIDSVu.org, un autre outil de visualisation du VIH qui cartographie les besoins les plus importants et les services. Souvent, ils ne se chevauchent pas.

«Au fur et à mesure que le nombre de nouvelles infections diminuera, il sera de plus en plus important d’être vraiment ciblé et aussi efficace que possible afin de trouver des personnes exposées au VIH et de les faire soigner», dit-il. “C’est un nouveau chapitre passionnant.”

Mais les autres ne sont pas aussi convaincus. Cooke, médecin de l’Indiana, a soigné beaucoup de personnes dans cette épidémie de VIH. Et il a dit qu’il n’avait pas besoin de séquences d’ADN pour le voir arriver.

Il a tiré les statistiques: le comté de Scott, où se trouve Austin, était le deuxième dans l’État pour les taux d’hépatite C, ce qui peut refléter le partage de seringues. En 2014, le comté de Scott affichait le troisième taux le plus élevé de décès par intoxication médicamenteuse – un marqueur de surdose – et n’avait pas de programme d’accès aux seringues jusqu’à ce que la plupart des personnes dans la flambée aient déjà été infectées. Et Scott County avait la qualité de vie la plus basse dans l’état, selon les données de Robert Wood Johnson Foundation.

De plus, selon Cooke, la région se classait parmi les trois premières dans l’État pour les mesures de mauvais traitements et de négligence durant l’enfance – un indicateur d’expériences défavorables chez les enfants associé à des taux plus élevés de consommation de drogues injectables et de diagnostic du VIH.

À chaque étape de cette épidémie, les autorités auraient pu intervenir sans la carte ADN, dit Cooke. Si cette personne séropositive pouvait accéder au traitement, le risque de transmission du virus aurait été négligeable. S’il y avait eu un programme d’accès aux seringues, il y aurait eu moins de partage de seringues et même l’injection de drogues n’aurait pas transmis le virus. S’il y avait des soins de santé mentale adéquats, les gens pourraient traiter les traumatismes de l’enfance différemment. Si le traitement de la toxicomanie était plus facilement disponible, si des outils de prévention du VIH comme le Truvada étaient disponibles partout, tous ces moyens auraient pu désescalader l’épidémie, dit-il.

Cooke pointe vers un autre article de la CDC, celui de 2016, énumérant 220 comtés, principalement dans les Appalaches, qui font face à des risques similaires pour les épidémies de VIH comme Austin.

“Si nous savons déjà quelles sont les communautés à risque, pourquoi n’en faisons-nous pas plus?” il dit. «Il y a plus que le VIH en jeu. Il y a des maladies infectieuses associées à la réutilisation des seringues, des décès dus à la dermatologie, l’hépatite B et l’hépatite C, et bien d’autres choses. Nous aidons les personnes à risque à ne pas tomber malades et à mourir autant que nous le pouvons, sans tests de laboratoire, ce qui est excellent pour suivre les choses, mais nous avons de vraies personnes qui meurent. “

Heather Boerner est une journaliste spécialisée dans les soins de santé et la science basée à Pittsburgh.Positivement négatif: l’amour, la grossesse et la victoire surprenante de la science sur le VIH.Elle est sur Twitter:@HeatherBoerner.